Ústav farmakologie a toxikologie provádí výuku lékařské farmakologie ve třetím a čtvrtém ročníku magisterského studia všeobecného a zubního lékařství v českém a anglickém jazyce a volitelného předmětu Pokroky ve farmakologii. Přednášky probíhají v budovách Procháskova a Pavlovova ústavu a semináře v UNIMECU (nová budova Univerzitního medicínského centra).
Koncem roku 2016 bude dostavěna nová posluchárna jako součást UNIMECU.
Pedagogové jsou autory, spoluautory a recenzenty skript a celostátní učebnice pro farmakology. Pracoviště zapojeno do tvorby e-learningových výukových materiálů v rámci spolupráce českých lékařských fakult v programu vzdělávací sítě českých a slovenských lékařů MEFANET, jež usiluje o modernizaci výuky lékařských a zdravotnických oborů.
Studenti LFP při výuce farmakologie v obou semestrech rovněž užívají e-learningový portál Moodle. V obou seminárních místnostech ústavu jsou počítače pro studenty. Z grantových prostředků byly zakoupeny a jsou updatovány PC programy, které simulují farmakologické účinky látek a vyhodnocují hladiny léčiv v lidském organismu. Programy jsou vhodné pro studenty pregraduální i postgraduální výuky.